檢察機關立案是人民檢察院辦理刑事案件的第一道程序。根據刑事訴訟法第八十三條規定：“公安機關或者人民檢察院發現犯罪事實或者犯罪嫌疑人，應當按照管轄范圍，立案偵查。”為確保立案質量，檢察機關必須嚴格依法定程序立案。檢察機關刑事立案的程序是：首先，由承辦案件的人員制作《立案請示報告》;其次，經部門負責人或者主辦檢察官審查;再次，由部門負責組織討論同意;最后，由部門負責人或主辦檢察官報請檢察長批準。重大、復雜或者疑難的案件，還要由檢察長提請檢察委員會討論決定。經過批準或決定以后，由承辦人填寫《立案決定書》，人民檢察院據此正式對案件展開偵查。《立案決定書》要載明犯罪嫌疑人的姓名、涉嫌的罪名、立案的法律依據、立案的機關、立案的時間等內容，立案決定書上要有檢察長簽字印章。《立案決定書》是人民檢察院依法對案件正式偵查的依據，是對犯罪嫌疑人采取各種偵查措施和強制措施的前提條件，必須認真制作。

為了加強對檢察權的監督制約，最高人民檢察院檢察委員會第十屆第三十九次會議于2005年9月23日通過了《人民檢察院直接受理偵查案件立案、逮捕實行備案審查的規定（試行）》和《關于省級以下人民檢察院對直接受理偵查案件作撤銷案件、不起訴決定報上一級人民檢察院批準的規定（試行）》。規定省級以下（含省級）人民檢察院辦理直接受理偵查案件，決定立案、逮捕的，應當報上一級人民檢察院備案審查;省級以下（含省級）人民檢察院辦理直接受理偵查的案件，擬作撤銷案件、不起訴決定的，在履行了人民監督員監督程序后，報請上一級人民檢察院批準。

為了貫徹落實《中華人民共和國全國人民代表大會和地方各級人民代表大會代表法》對人民代表大會代表執行職務司法保障的規定，最高人民檢察院對依法決定對人民代表立案的程序作了特殊規定：1.對擔任本級人大代表的犯罪嫌疑人立案，直接向本級人大主席團或常委會通報情況。2.對擔任上級人大代表的犯罪嫌疑人立案，向該代表所屬的人大同級的檢察院通報情況。3.對擔任下級人大代表的犯罪嫌疑人立案，可以直接向該代表所屬的人大主席團或常委會通報情況，也可以委托該代表所屬的人大同級的檢察院通報情況;對擔任鄉、民族鄉、鎮的人大代表的犯罪嫌疑人立案，由縣級檢察院報告鄉、民族鄉、鎮的人民代表大會。對擔任兩級以上人大代表的犯罪嫌疑人立案，分別按照上述方式通報情況。4.對擔任辦案單位所在省、市、縣（區）以外的其他地區人大代表的犯罪嫌疑人立案，應當委托該代表所屬的人大同級的檢察院通報情況。擔任兩級以上人大代表的，應當分別委托該代表所屬的人大同級的檢察院通報情況。