自2004年起,學院成為國內首批開展會計碩士專業學位教育工作的單位。2011年3月,國務院學位委員會授予上海國家會計學院專業碩士學位授予權(單位代碼80402),自此,學院開始獨立開展會計碩士專業學位MPAcc(代碼為125300)、審計碩士專業學位MAud(代碼為025700)人才培養工作。2014年5月,學院獲批為稅務碩士專業學位授權點,開始開展稅務碩士專業學位MT(代碼為025300)人才培養工作。2015年,經全國會計專業學位研究生教育指導委員會認證,學院成為首批獲得會計碩士專業學位教育質量認證(Accreditation forAccounting Professional Education Quality,簡稱AAPEQ)的六家A級成員單位之一。2017年9月,學院與上海財經大學啟動合作培養會計學博士研究生項目。2018年3月,學院獲批為金融碩士專業學位授權點,開始開展金融碩士專業學位MF(代碼為025100)人才培養工作。